यस महाशाखा अन्तर्गत तीनवटा शाखाहरु रहेका छन् :

• भूमिगत जल सिँचाइ शाखा;
• भूमिगत जल संरक्षण तथा पुनर्भरण शाखा;
• भौगर्भिक तथा पहिरो व्यवस्थापन शाखा।

#

यस महाशाखाले सम्पन्न गर्ने कामको प्रकार :

• भूमिगत जल सिँचाइ विकासको निमित्त आवश्यक नीति नियमको मस्यौदा तर्जुमा गर्ने गराउने तथा स्वीकृतिको लागि महानिर्देशक समक्ष पेश गर्ने।
• भूमिगत जल सिँचाइ आयोजनाहरू र पहिरो व्यवस्थापन आयोजनाहरूको पहिचान गर्ने, पहिचान प्रतिवेदन तयार गरी महानिर्देशक समक्ष पेश गर्ने।
• भुमिगत जल सिँचाइ तथा पहिरो व्यवस्थापन आयोजनाहरूलाई डिजाइन, नक्साङ्कन, लागत अनुमान तयारीको लागि आवश्यक सहयोग गर्ने तथा यस सम्बन्धी प्राप्त प्रतिवेदनहरूको चेकजाँच सम्बन्धी कार्यहरू गर्ने।
• इन्जिनियरिङ भौगर्भिक अध्ययन तथा जटिल प्रकृतिको पहिरो व्यवस्थापन सम्बन्धी नीति कार्यविधि तथा प्राविधिक म्यानुल तयार गरी महानिर्देशक समक्ष पेश गर्ने।
• विभिन्न जलस्रोत आयोजनाहरूको प्राविधिक प्रतिवेदनमा इन्जिनियरिङ भौगर्भिक क्षेत्र तर्फको कार्य क्षेत्र निर्धारण तथा प्राप्त प्रतिवेदनमा चेकजाँच गरी राय सुझाव दिने।
• विभाग अन्तर्गत सञ्चालित भूमिगत सिँचाइ आयोजना तथा पहिरो व्यवस्थापन आयोजनाहरूको कार्य सम्पादन व्यवस्थापन सम्बन्धित कार्यहरू गर्ने। आयोजनाहरूको अनुगमन तथा सुपरिवेक्षण, रेखदेख गर्ने, आवश्यक निर्देशन दिने, गुणस्तर नियन्त्रण गर्ने गराउने तथा अनुगमन प्रतिवेदन योजना तथा अनुगमन शाखाको प्रयोजनको निम्ति उपलब्ध गराउने।
• विभाग अन्तर्गत सञ्चालन हुने वा भइरहेका अन्य आयोजनाहरूको स्वीकृत कार्यक्षेत्र भित्रको पहिरो व्यवस्थापनको लागि आवश्यकता अनुसार प्राविधिक सहयोग गर्ने।
• महाशाखा अन्तर्गतका कार्यक्रमहरूको बार्षिक कार्यक्रम तथा प्रगति विवरण तयार गर्ने कार्यमा सहयोग गर्ने।
• भूमिगत जलको सन्तुलित उपयोग सम्बन्धी नीतिनियम, नर्म्स तयारीमा सहयोग पु¥याउने।
• महाशाखा अन्तर्गतका शाखाहरू बीच समन्वय गर्ने/गराउने।